1140 wurde sie erstmals urkundlich erwähnt und war im Besitz der Herren Falchenstain. Nach dem Aussterben des Geschlechtes kam Falkenstein 1227 an die Witigonen.

Von Falkenstein aus wurde durch Chalhoch von Falkenstein das Stift Schlägl gegründet.

Traurige Berühmtheit erhielt die Burg Falkenstein durch das Schicksal von Zawisch, ein getreuer Gefolgsmann von Ottokar II von Böhmen. Er wurde von seinem Stiefsohn König Wenzel II in Falkenstein gefangen gehalten und hingerichtet.
Von den Rosenbergern übernahmen die Oberheimer Burg und Herrschaft und bauten die Burg und den Wasserturm um. 1589 wurde Bartholomae Salburger Pfleger der Herrschaft Falkenstein und konnte die Herrschaft 1598 käuflich erwerben.

1724 wurde die Herrschaft Falkenstein mit der Herrschaft Altenhof zusammengelegt und der Sitz nach Altenhof verlegt und die Burg dem Verfall preisgegeben.

Die Burgruine wird derzeit teils restauriert.