Die Burg wurde an einer strategisch wichtigen Stelle errichtet. Zu ihr gehörten auch Befestigungsanlagen auf der gegenüber liegenden Insel Wörth.

Bei Bedarf ließ sich die Donau für die Schifffahrt sperren, in dem zwischen beiden Anlagen Ketten gespannt wurden. Stromabwärts gab es weitere, ähnlich geartete Anlagen.

Die Burg wurde 1242 erstmals urkundlich erwähnt. Werfenstein gehörte zum Besitz des Landesfürsten und wurde zwischen dem 13. und 15. Jahrhundert immer wieder an verschiedene Besitzer verpfändet. Ende des 15. Jahrhunderts wurde die Burg aufgegeben, nachdem die letzten Bewohner in die neu errichtete Greinburg übergesiedelt waren. 1645 brannte die bereits verfallene Burg aus.

Der Palas wurde 1780 wegen Gefährdung der damals neu angelegten Uferstraße abgetragen.
Vom mittelalterlichen Baubestand sind nur noch Teile der Ringmauer und der Turm erhalten geblieben.
1907 erwarb Jörg Lanz von Liebenfels die Ruine und baute sie zur "Ordensburg" seines völkisch-esoterischen Neutempler-Ordens aus.

1963 wird die Burg erneut verkauft und zum privaten Wohnsitz ausgebaut.
Der dafür errichtete Neubau fügt sich aber harmonischen in den Altbaubestand ein und kann von außen nicht eingesehen werden.